2026 세제개편안, 토지주 세금이 달라지는 3가지

유난히 뜨거운 햇살과 그늘 한 점 찾기 힘든 무더위가 이어지는 요즈음입니다.

비록 체감하는 날씨는 한여름의 한가운데에 서 있는 듯 가마솥더위가 기승을 부리고 있지만, 절기상으로는 어느덧 가을의 문턱을 알리는 입추(立秋)도 지났습니다.

눈앞에 보이는 풍경은 여전히 푸르고 무성하지만, 자연의 순리는 우리 눈에 보이지 않는 곳에서부터 차분하게 다음 계절을 준비하고 있는 듯합니다.

치열했던 여름의 열기 속에서도 늘 혜안을 잃지 않으시고 각자의 자리에서 최선을 다해 오신 대표님과 투자자 여러분의 노고에 깊은 경의를 표합니다.

가장 뜨거운 계절 끝에 가장 결실 있는 계절이 찾아오듯, 지금의 무더위를 견뎌낸 시간들이 조만간 대표님의 사업과 자산 가치 위에도 풍성한 결실로 돌아오기를 진심으로 기원합니다.

 지난

8월 3일 기획재정부가 「2026년 세제개편안(정부안)」을 발표했습니다. 이번 세제개편안은 200여 페이지에 달하는 방대한 내용이 담겼지만, 산업용 부동산을 보유한 대표님이라면 실제로 확인해야 할 내용은 크게 세 가지입니다. 

 

다만 이는 아직 국회를 통과하지 않은 정부안이며, 세율·시행일·과세구간 모두 심의 과정에서 바뀔 수 있다는 점을 먼저 말씀드립니다.

 

재정경제부

 

1.   종합부동산세 개편(정부안) — 모든 나대지의 세금이 오르는 것은 아닙니다

 

모든 나대지의 세금이 오르는 것은 아닙니다. 정부안은 종합합산토지 가운데 과세표준 45억 원 초과 구간의 최고세율을 인상하는 내용입니다. 지방세법 제106조에 따른 재산세 과세유형(종합합산·별도합산·분리과세)은 종합부동산세 과세체계에도 중요한 기준이 됩니다. 

 

종합합산과세대상(주로 나대지·잡종지)은 최고세율이 3%에서 4%로, 세부담 상한은 150%에서 200%로 오르는 안입니다. 반면 별도합산과세대상(상가·공장·물류시설 부지 등)은 세율 조정 대상에서 빠져 있습니다. 정부안이 국회를 통과할 경우 2028년 1월 1일 이후 납세의무 성립분부터 적용될 예정입니다.

 

 

2.   비사업용 토지 양도소득세·법인세 개편(정부안)

 

비사업용 토지에 대해서는 장기보유특별공제(장기간 보유한 부동산의 양도차익을 일정 비율 깎아주는 제도)가 전면 배제됩니다. 미등기 양도자산과 동일한 취급을 받는 셈입니다. 

 

여기에 개인은 양도소득세 중과세율이 기본세율(6~45%)에 +10%p이던 것이 +20% p로, 법인은 추가과세 세율이 10%에서 20%로 각각 오르는 안입니다. 정부안이 국회를 통과할 경우 2028년 1월 1일 이후 양도하는 분부터 적용될 예정입니다.

 

 

3.   기회발전특구 이전기업 과세이연 연장(정부안)

 

수도권 사업용 부동산을 양도하고 기회발전특구 내 부동산을 대체 취득할 경우 양도차익에 대한 소득세·법인세 과세이연 적용기한이 2029년 12월 31일까지 3년 연장되는 안입니다. 

 

과세이연은 세금이 면제되는 제도가 아니라 일정 요건 충족 시 과세 시점을 뒤로 미루는 제도입니다. 이 조항 역시 정부안이 국회를 통과해야 확정되며, 지방 이전을 저울질하시는 법인 대표님들께는 판단 시간을 벌어주는 조치가 될 수 있습니다.

 

 

공인중개사의 시선

 

저는 산업용 부동산은 '가격'보다 '현금흐름'을 먼저 봅니다. 결국 중요한 것은 세율이 아니라 내 토지가 어떤 과세유형으로 분류되는지입니다. 같은 면적, 같은 시세의 토지라도 과세유형에 따라 세부담은 크게 달라질 수 있습니다. 실무를 진행하다 보면 나대지로 오래 방치된 필지와, 공장·창고로 실사용 중인 필지를 같은 잣대로 걱정하시는 경우를 자주 봅니다. 이번 정부안은 그 둘을 명확히 갈라놓았습니다.

 

토지 유형별 영향 자가진단

 

●   상가·공장·물류시설 부지로 실사용 중이며 별도합산과세대상인 경우 → 이번 종부세 개편(안) 영향권 밖

●   공장부지라도 유휴지 상태라면 실제 이용현황에 따라 과세유형이 달라질 수 있으므로 확인이 필요합니다

●   나대지·잡종지 상태로 개발을 기다리는 종합합산과세대상 토지, 과표 45억원 초과 → 2028년부터(정부안 통과 시) 세율 4%·상한 200% 적용 대상

●   비사업용 토지를 매도 예정인 경우 → 2027년 내 양도와 2028년 이후 양도의 세부담 차이를 먼저 계산해 볼 필요

●   기회발전특구 이전을 검토 중인 법인 → 과세이연 적용기한이 2029년 12월 31일까지 늘어나는 안인 점 확인

 

 

 세율변화 예시 (최고세율 구간 단순 계산)

 

이해를 돕기 위한 최고세율 구간 단순 계산 예시입니다. 과표 50억원 상당의 나대지(종합합산과세대상)를 보유하고 계신다고 가정하겠습니다. 현행 기준으로는 15억 원 이하분 1%, 15~45억 원분 2%, 45억 원 초과분(5억 원) 3%가 적용되어 초과분에 대한 세액은 1,500만 원입니다. 

 

정부안이 그대로 시행된다면 같은 초과분(5억원)에 4%가 적용되어 세액은 2,000만 원으로, 초과분 기준 500만 원이 늘어나는 구조입니다. 실제 종합부동산세는 공정시장가액비율·기본공제·세액공제·세부담 상한 등이 함께 계산되므로, 이 예시는 세율 구조 이해를 돕기 위한 단순 계산이며 실제 세액과는 차이가 있습니다.

 

 

이런 분께 추천합니다

 

●   인천·수도권에 나대지·잡종지를 장기 보유 중이신 토지주

●   2027~2028년 사이 토지 매도 시점을 저울질하고 계신 개인·법인 대표

●   수도권 사업장의 지방 이전(기회발전특구)을 검토 중이신 법인 대표

 

이 글만 보고 결정하지 마십시오. 산업용 부동산은 분양가만으로 투자 여부를 판단하기 어렵습니다. 기업의 업종, 자금조달 구조, 실사용 계획, 세제 혜택에 따라 결과가 달라질 수 있으므로 계약 전에는 반드시 개별 검토가 필요합니다.

오늘 정리해드린 세 갈래 길이, 대표님들의 공장 운영에 실질적인 도움이 되고, 사업이 한 걸음 더 번창하시길 바랍니다.

 

 

다음 편 예고

23편에서는 종합합산 토지 종부세를 필지 단위 시뮬레이션으로, 24편에서는 비사업용 토지 양도 타이밍 비교를, 25편에서는 기회발전특구 과세이연 활용법을 다룰 예정입니다. 

 

 

FAQ

 

Q1. 제 공장 부지도 종부세가 오르나요?

실사용 중인 공장·창고·물류시설 부지는 대부분 별도합산과세대상으로 분류되며, 이번 정부안에서 세율이 유지됩니다. 다만 토지의 실제 이용 현황에 따라 분류가 달라질 수 있어 개별 확인이 필요합니다.

Q2. 공장용지인데 일부를 주차장으로 사용하면 별도합산인가요?

실사용 목적과 지방세법상 과세유형에 따라 판단됩니다. 공장 운영에 필요한 부속토지라면 별도합산 대상이 될 수 있으나, 실제 이용현황에 따라 달라질 수 있으므로 확인이 필요합니다.

Q3. 2028년 시행이면 지금 당장은 안전한가요?

정부안이 그대로 국회를 통과한다면 종부세·양도세 개편 모두 2028년 1월 1일 기준 시행이므로 그전까지는 현행 기준이 적용됩니다. 다만 매도 시점을 계획하고 계시다면 유예기간 안에 결정을 내리는 것이 유리한지 미리 검토해 보시길 권합니다.

Q4. 비사업용 토지 여부는 어떻게 판정하나요?

소득세법상 재촌·자경 요건, 토지 용도, 보유 기간 등을 종합적으로 판단합니다. 판정 기준이 세부적이므로 세무사 상담을 함께 받으시는 것을 권합니다.

 

감사합니다.

※ 이 글은 「2026년 세제개편안(정부안)」(2026.8.3 발표, 기획재정부 세제실), 지방세법 제106조를 검증하여 작성했습니다. 국회 심의 결과에 따라 내용이 달라질 수 있습니다.